La máxima autoridad de la CLAC es su Asamblea General. La componen alrededor de 175 delegados de las organizaciones de pequeños productores y asociaciones de trabajadores de Comercio Justo de los diferentes países y productos de América Latina y el Caribe.

En cada Asamblea General, los delegados eligen el Consejo de Directores, revisan los informes de las Coordinadoras Nacionales y Redes de Producto, aprueban los Informes Generales de Junta Directiva, así como, entre otros, los Estados Financieros, Planes Estratégicos, Líneas Estratégicas para el trabajo a nivel continental y la política de membrecía.