La CLAC tiene sus raíces en la creación de los primeros sellos de comercio justo, a finales de los años ‘80. Los antecedentes formales de la CLAC comienzan con la Coordinadora Latinoamericana de Pequeños Productores de Café (CLA o “Coordinadora”) y con la red latinoamericana de pequeños apicultores, PAUAL (Pequeños Apicultores Unidos de América Latina), ambas fundadas en 1996.

Durante la Quinta Asamblea Regional de la CLA, celebrada en agosto del 2004 en Oaxaca, México, se constituyó la CLAC como entidad legal, incorporando a las representaciones de los pequeños productores de Comercio Justo de América Latina y el Caribe de una amplia variedad de productos.